با تمامی حُسن ها و ویژگی های مثبتی که در متلب وجود دارد ، این برنامه با مشکلاتی نیز مواجه است .

یکی از مشکلاتی که در متلب به چشم می آید متن باز نبودن آن است ، و این مشکل موجب می شود تا کاربران نتوانند از کدهای آن در سایر بخش های دیگر استفاده کنند .

ضعف دیگر متلب مربوط به محدود بودن آن است ، با توجه به این موضوع ، متلب در حین کار با ماتریس ها با عملکرد بسیار خوبی کار می کند ، اما در بخش های دیگر عملکرد بسیار کندی دارد .

البته قسمتی از این مشکلات در سایر برنامه هایی مشابه متلب وجود ندارد و می توانیم برای کار با اعداد از برنامه هایی مانند Mathematica و Mathcad استفاده کنیم.

از حُسن های متلب این است که کاربران می توانند بصورت رایگان این برنامه را دانلود کنند ، اما مشکلی که در این میان مطرح می شود امکان همگام سازی آن با سیستم عامل می باشد که کاربران را ملزم می کند  که تعدادی بسته های نرم افزاری را  بر روی سیستم خود نصب کنندد تا بتوانند از متلب استفاده کنند.